Do bioinformatiky bývá dnes zařazováno leccos, toto slovo je dnes docela populární mj. i mezi investory a zakladateli start-upových firem. Snad tahle popularita souvisí se zvýšeným zájmem o interdisciplinární vědní obory, současně ale často dochází k určitým zmatkům. V následujícím textu se tyto zmatky pokusíme trochu projasnit v rozhovoru s Fatimou Cvrčkovou, která na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy přednáší mj. právě úvod do bioinformatiky.
Jako bioinformatiku chápete vy sama, respektive v jaké podobě se jí zabýváte a co v rámci tohoto předmětu vyučujete?
Napadlo mne onehdy najít si českou definici bioinformatiky na Googlu. Na jednom z prvních míst na mě vyběhl příspěvek z elektronické konference Záhady, podrubrika Psychotronika, podle kterého je bioinformatika obor, který se zabývá jevy, jako je hypnóza, telepatie, dálkové vnímání... Jak vidno, s definicí bioinformatiky to zjevně není tak úplně jednoduché.
Mně se líbí dosti rozšířené pojetí, podle něhož je bioinformatika oblast na pomezí biologie a informatiky, která se zabývá zpracováním, prohledáváním a analýzou dat o sekvenci, struktuře a popřípadě i funkci biologických makromolekul, tedy hlavně DNA a proteinů.
V literatuře se ale dá najít i vymezení širší – totiž že do bioinformatiky patří jakékoli využití počítačů k hledání odpovědí na biologické otázky. Pak by tam spadlo také statistické zpracování fyziologických, lékařských a dokonce i ekologických dat. Nemyslím ale, že by toto širší vymezení (odpovídající zhruba anglickému termínu "computational biology") bylo k něčemu dobré. To jsou jiná témata, dělají to obvykle jiní lidé a jinými metodami, nanejvýš někdy na stejném hardwaru. Možná se taková definice může hodit třeba k vymezení struktury pracoviště či ke zdůvodnění žádosti o peníze, když se zrovna nosí mezioborovost, ale jinak sotva.
Možná drobné upřesnění: Bioinformatika je vymezena spíše oborem svého zájmu, nebo používanými metodami?
Záměrně jsem bioinformatiku označila za oblast, nikoli obor. Obor je určen tématem a kladenými otázkami. Má-li bioinformatika být obor, pak opravdovým bioinformatikem je jen ten, kdo třeba vyvíjí software pro automatizované zpracování a analýzu dat, nebo aspoň spravuje vlastní databázi. Ale kolem bioinformatiky se pohybuje řada lidí, pro které jsou bioinformatické postupy prostě pouze jedním z nástrojů pro řešení biologických otázek - a bioinformatika je pro ně tedy spíš metoda než obor. Sama se počítám do téhle skupiny, protože to, čím se doopravdy zabývám, když zrovna neučím nebo – bohužel – neúřaduji, je buněčná biologie. Pro mne tou nejzajímavější otázkou je, jak je možné, že velká část z úžasné rozmanitosti živých tvorů, kterou kolem sebe vidíme, je „postavena“ z velmi malé sady téměř typizovaných molekulárních součástek. Bioinformatický přístup mi umožňuje tyto součástky nacházet, porovnávat, hledat shody a rozdíly, vyvozovat hypotézy o jejich evoluční minulosti – nebo o současné funkci, která se pak dá zkoumat i experimentálně.
Hranice mezi tím, kdo ještě je bioinformatik, a kdo pouhý uživatel bioinformatických nástrojů, není úplně ostrá. My „poučení uživatelé“, kteří se zabýváme analýzou veřejně dostupných dat veřejně dostupnými nástroji, jsme zjevně v jiné kategorii než ti, kdo si sami vyvíjejí databáze a software, sekvenují genomy, udržují servery a vůbec provozují to, čemu bychom mohli říkat „vysoká bioinformatika“. Neovládáme rafinované matematické teorie a třeba ani neumíme programovat, ale zase něco víme o džungli molekul a regulačních drah, které nezajímají tvůrce algoritmů a autory impozantních analýz celých genomů.
Když používáme slovo bioinformatika, je možná na místě následující otázka - liší se nějak zásadně zpracování informace v živých systémech od toho, co rozumíme "normální" informatikou? Respektive - používáme snad slovo informace v obou případech ve stejném významu?
Tak, jak jsme si bioinformatiku vymezili – především jako nauku o sekvencích, tedy o digitálních řetězcích písmenek, která označují jednotlivé báze v DNA nebo aminokyseliny v proteinech a v posledku jsou převoditelné na posloupnost nul a jedniček – by na tom měla být podobně jako „normální“ informatika. Alespoň tak, jak si informatiku představuje bioložka nedotčená informatickým vzděláním.
Současně ale z vlastní zkušenosti i z pozorování jistého vzorku bioinformatiků v mém okolí shledávám, že praktické provozování bioinformatiky se kupodivu může obejít vůbec bez pojmu informace ve smyslu, jak ji definoval Shannon. Tedy té informace, která se měří na bity a bajty a na jejímž obsahu přitom nezáleží. Totéž by ale nejspíš řekl i informatik, který se věnuje třeba modelování populací autonomních agentů nebo umělé inteligenci.
Na druhé straně má ale bioinformatika skrze své sepětí s biologií blízko k tradičnímu chápání pojmu informace, které dávno předcházelo počítačovému věku a matematickým definicím. Slovo „informace“ není nové; odedávna, už od středověku, se jakožto „in-formatio“ označovalo to, co „udílí či určuje formu“ našemu tělesnému světu. Třeba Boží vnuknutí, školní učivo, náležitě pochopené zprávy (zprávy, nikoli nezpracovaná data), dnes třeba také to, co se dovídáme v informační kanceláři na nádraží. Sem dobře zapadá i sekvence nukleotidů, která určuje sekvenci aminokyselin, skrze ni tvar a vlastnosti proteinu a posléze i těla. A současně to, co bioinformatik dělá, není mnohdy nic jiného než dolování srozumitelných informací z hromady nesetříděných surových dat (tedy data mining, jak se tyhle postupy obvykle označují ve světě IT).
Jak vlastně v oblasti bioinformatiky funguje dnešní byznys? Co se prodává, co se kupuje a co bývá zveřejňováno volně? Napadají mě patentovaná léčiva, genetické testy na náchylnost k chorobám, ale třeba i vlastní přečtené sekvence... Čím se zabývají spíše firmy, co je naopak doménou akademických výzkumných týmů?
Můj pohled je asi dost zatížený tím, se pohybuji v univerzitním prostředí. Většina institucí, které mám spojené s bioinformatikou, je financována převážně či výhradně z veřejných zdrojů. Jsou to často státní či mezinárodní ústavy (třeba americký NIH, Národní ústav zdraví, který je pro bioinformatiku a genomiku tím, čím pro kosmonautiku NASA), univerzity, ústavy vědeckých společností typu německé Max-Planck-Gesselschaft nebo naší Akademie věd. Komerční firmy mě napadají vlastně jen tři: Syngenta a Monsanto, což jsou šlechtitelské společnosti, které se věnují vývoji nových odrůd zemědělských plodin, a Affymetrix, dnes jedna z nejvýznamnějších firem produkujících DNA čipy a související hardware a software. Instituce typu univerzit či akademických ústavů výsledky samozřejmě zveřejňují, a i třeba Monsanto a Syngenta povolily nekomerčním pracovištím přístup k datům na základě smlouvy, která firmám zajišťovala spoluúčast na případných budoucích patentech.
Zajímavý případ představuje TIGR (The Institute of Genomic Research), což je soukromá firma, u jejíhož zrodu stál Craig Venter, dnes asi nejvýraznější postava toho, co by se dalo nazvat komerční genomikou. TIGR má za sebou celou řadu sekvenovaných genomů, mimo jiné i ten vůbec první – bakterii Haemophilus influenzae, jejíž dědičná informace byla přečtena už v roce 1995. TIGR je také firmou, která před pár lety velikému mezinárodnímu konzorciu téměř vyfoukla prioritu v sekvenování lidského genomu (nakonec se oba konkurenční týmy dohodly a výsledky zveřejnily společně). Velká část genomových projektů společnosti TIGR je ale financována z veřejných peněz formou grantů. Výsledky jdou přímo do špičkových vědeckých časopisů, což mj. znamená, že sekvence hotových genomů musejí být uloženy ve veřejně přístupné databázi. Zveřejněny musí být i metody – aspoň princip, i když třeba zdrojový kód softwaru nikoli.
Já sama čerpám informace právě z odborných časopisů a databází, a tak o nepublikovaných záležitostech vím jen z doslechu a z druhé ruky. Ale dovedu si docela dobře představit, že leckterá farmaceutická firma si v tichosti dělá slušnou sbírku genetických profilů nádorových linií či virových izolátů, na kterých sleduje účinnost léků a pak si patentuje sérii diagnostických testů pro předpovídání účinnosti možných variant postupu léčby. Třeba u některých typů nádoru prsu už je dnes možné předem odhadnout, zda budou reagovat na hormony. Velké semenářské podniky (nejen Syngenta) nejspíš také používají molekulárně charakterizované genetické znaky jako vodítko při šlechtění. S tím se ostatně začíná i u nás, třeba u firmy Agritec v Šumperku. Farmaceutické firmy nejspíš také navrhují struktury nových léčiv na základě teoretického modelování tvaru molekul Mám ale přesto tak trochu pochybnosti, do jaké míry je oprávněné mluvit přímo o „podnikání v oblasti bioinformatiky“. Pokud si mám vzpomenout na nějaké konkrétní komerční aktivity spojené s bioinformatikou, obvykle v nich hlavní roli hraje „mokrá“ biochemie či chemie. Bylo by asi na místě hovořit spíš o podnikání v oblasti molekulární biologie či biotechnologie, protože bioinformatika vystupuje jen jako jeden z nástrojů, až snad na několik výhradně softwarových firem.
Dr. Fatima Cvrčková se na katedře fyziologie rostlin Přírodovědecké Fakulty UK zabývá studiem molekulárních mechanismů zodpovědných za tvar rostlinné buňky. Kromě toho přednáší také úvod do bioinformatiky. Na stejné téma jí na začátku tohoto roku vychází také vysokoškolská učebnice v nakladatelství Academia.
Jaké hlavní přínosy může dnes bioinformatika nabídnout? Jaké nové léky byly díky těmto metodám uvedeny na trh, kam dospěla farmakogenomika, jak blízko jsou různé miniaturní strojky pracující přímo v živých buňkách?
Dalo by se říci, že snad za všechny praktické výstupy molekulární biologie vděčíme bioinformatice. Takové konstatování je ale triviální, skoro jako kdybychom řekli, že za všechny výstupy vědy vděčíme tomu, že naši předkové vynalezli písmo, nebo že se naši ještě dávnější předkové naučili chodit po dvou.
Mám-li se pokusit odpovědět netriviálně, tak navzdory veškeré mediální slávě kupodivu těžištěm uplatnění molekulárně biologických poznatků, hlavně těch „se zvýšeným podílem bioinformatiky“, není genová terapie. Zajímavou oblastí uplatnění je vývoj nových léčiv, popřípadě optimalizace účinných látek. Firmy se pochopitelně příliš nechlubí, jak to dělají, ale velice často se nemohou vyhnout krokům, kdy je nutné testovat třeba i tisíce jen mírně odlišných chemických sloučenin na jednoduchém modelovém systému. Může to být třeba buněčná kultura, jejíž odpověď se pak sleduje pomocí DNA čipů. Pokud je známo, která molekula má být cílem působení léku, lze výběr testovaných variant značně omezit, jestliže známe i trojrozměrnou strukturu cílové molekuly. Pak totiž lze varianty předběžně testovat „na sucho“ v počítačovém modelu, a jen ty nadějné pak i opravdu vyrábět v syntetické laboratoři. Troufnu si odhadnout, že jeden či druhý přístup se dnes uplatňuje u významné části nově zaváděných léků.
Naprosto zřejmý je také přínos molekulární biologie v oblasti diagnostiky v nejširším smyslu. Tahle oblast aplikací je možná ještě zajímavější než vývoj léčiv, také proto, že je méně spoutaná bezpečnostními předpisy. Pokud metoda nepočítá s tím, že by se pacientovi něco podávalo, není třeba testovat její neškodnost, a stačí zabývat se „jen“ účinností a spolehlivostí. Nemusí ale jít jen o aplikace v lidské medicíně, svého druhu diagnostikou je totiž i vyhledávání vloh k vlastnostem, které ovlivňují třeba odolnost rostlin k suchu, zasoleným půdám a podobně. Dá se to pak využívat k cílenému šlechtění plodin s požadovanými vlastnostmi; tohle dlouho a dobře dělají třeba na univerzitě v Jeruzalémě.
Několikrát jsme již narazili na DNA čipy. Kde se uplatňují dnes a kde předpokládáte jejich nasazení v blízké budoucnosti?
Asi bude na místě začít vysvětlením, co to vlastně DNA čipy jsou. Jejich princip spočívá v tom, že na skleněnou či plastovou destičku nalepíme „mřížku“ z definovaných fragmentů DNA, a pak destičku s těmito sondami vykoupeme v roztoku, který obsahuje zkoumaný vzorek – složitou směs, ve které chceme měřit množství jistých typů molekul RNA (genových produktů), které se specificky chytají na naše sondy. Destičku vytáhneme, opláchneme, a pak už jen změříme, kolik se na které políčko mřížky nalepilo. Když to uděláme šikovně, můžeme na jedné destičce – tedy čipu – umístit sondy odpovídající až desítkám tisíc genů. Z minimálního množství materiálu tak dostaneme informaci o tom, které geny jsou zapnuté a které vypnuté, a dokonce i jak silně. Člověk má asi 40 000 různých genů a na pokrytí celého lidského genomu přitom stačí jen několik čipů. Samozřejmě celý postup není tak jednoduchý – je o tom celé vědní (nebo metodické?) odvětví, které se nazývá transkriptomika.
Podíváme-li se do katalogu firmy Affymetrix, která je dnes nejvýznamnějším producentem DNA čipů, zjistíme, že dodává kompletní systém – hardware, software i samotné čipy – a na uživateli už zůstává jen příprava vzorku a případně zadání požadavků na konstrukci čipu „na míru“. Konsorcium několika evropských laboratoří s centrem na univerzitě v Nottinghamu si tak třeba nechalo navrhnout čip, který pokrývá přes dvě třetiny známých genů huseníčku (Arabidopsis, jednoho z modelových organismů rostlinné molekulární genetiky) a ten se teď používá k velmi důkladnému mapování funkce těchto genů za nejrůznějších podmínek. Výsledky jsou odborné veřejnosti k dispozici ve volně přístupné databázi, a každý se může prostřednictvím webové aplikace podívat na chování konkrétních genů, které ho zajímají.
Většinu katalogové nabídky čipů Affymetrix ale tvoří čipy pro lékařskou diagnostiku. Ty obsahují třeba široký výběr genů, které se uplatňují při vzniku určitých typů nádorů. Tuším, že v současnosti sice možná většinu odbytu firmy zajišťují výzkumná pracoviště, ale dá se čekat, že se transkriptomické metody budou čím dál tím víc uplatňovat i v rutinních klinických vyšetřeních, zejména pokud se celou technologii podaří výrazně zlevnit.
Řada vizionářů vkládá velké naděje do okamžiku, kdy se sekvenování stane tak rychlé a levné, že budeme "mapu" své DNA nosit na nějaké elektronické obdobě zdravotní karty. Kdy k tomu podle vás může dojít?
Nemyslím si, že vývoj půjde tímhle směrem. My si totiž svou genetickou mapu už teď nosíme v každé kapce krve. Položme si otázku, co je výhodnější: zmapovat (neříkám osekvenovat, to by bylo ještě nákladnější) každého jedince pokud možno v okamžiku narození, vybavit celou populaci kartou, starat se o databáze, nosiče a terminály – a nebo raději vyvíjet metody na to, abychom mohli zmapovat, popřípadě osekvenovat, to, co je aktuálně potřeba, co nejrychleji a co nejlevněji? Když dostanete angínu nebo si zlomíte nohu, nebude vám asi sekvence čehokoli k ničemu. Pokud byste ale dostal rakovinu nebo nějakou vzácnou autoimunitní chorobu, velmi by se hodilo, kdyby bylo možné během dvou dnů ze vzorku vaší krve osekvenovat to správné jedno procento vašeho genomu, na kterém v konkrétním případě záleží.
Přitom tuším, že problémem možná už ani teď není rychlost sekvenování a snad ani jeho cena, ale spíš to, že zatím jen málokdy víme, které je to pravé procento.
Jakým směrem se podle vás bude ubírat vývoj a role geneticky upravených organismů?
Čekala bych, že podobným, jako posledních asi tak osm tisíc let. My totiž své okolí „geneticky upravujeme“ už od chvíle, co jsme si začali vybírat a přednostně pěstovat či chovat rostliny a živočichy, kteří se nám z nějakého důvodu líbí, nebo nám chutnají - tedy od neolitu. Potíž je v tom, že dokud zemědělci vozili brambory z Ameriky do Evropy nebo králíky z Evropy do Austrálie, a šlechtitelé křížili rybíz s angreštem, považovalo se to za normální součást vývoje. Občas je prostě nutno riskovat průšvih, protože všechno předpovídat nelze. Nikdo nemohl předem zaručit, že z křížence rybízu s angreštem vzejde nenápadný keřík s poměrně chutnými, i když trochu kožnatými a chlupatými bobulemi, který se ještě dnes občas po jménem Josta (Johannisbeere-Stachelbeere) najde po našich zahrádkách. Zrovna tak se mohlo zrodit nezničitelné rychle rostoucí trnité křoví, schopné během pár let pohltit celou zahrádkářskou kolonii a pustit se do sousedícího města.
Co je ovšem nové, a co mne osobně dost znepokojuje, je přístup naší civilizace k moderním genetickým technikám. Kdyby dnes někdo chtěl velmi cíleně přenést z rybízu do angreštu jeden jediný gen, bude muset napřed dalekosáhle přesvědčovat veřejnost, že všepohlcující trnité křoví nevznikne (teď možná trochu přeháním, ale zase ne až tak moc). Jsme posedlí jistotou a bezpečností (až na to, že máme „slepou skvrnu“ jménem automobilová doprava) a zvykli jsme si od vědců očekávat, že nás předem ujistí, že žádné riziko neexistuje. Poctivý vědec takovou jistotu poskytnout nemůže, může nanejvýš poukázat na to, že neexistuje žádné riziko specifické pro ony technologie.
Myslím, že je vlastně dobře, že se poslední dobou vynořují i kritikové, kteří se ohánějí argumenty citovými a estetickými, a nejen pseudoracionálním zdůvodňováním v duchu „bezpečná jsou jen ta rajčata, která neobsahují žádné geny“. A to přesto, že nemohu pochopit, proč by světélkující králík, kterému se v kožichu dělá zelený fluorescenční protein, měl být méně králíkem, než je maltézský pinč vlkem, a proč by snad zelené světélkování mělo ubližovat králíkově králičí důstojnosti, zatímco vlčí důstojnost maltézského pinče zůstává nedotčena. Takovým argumentům ale nelze čelit kalkulacemi ekonomického přínosu nebo odhady rizika. Je už konečně na čase, aby se i vědci přihlásili k tomu, že věda sama – je-li praktikována dobře a s pokorou – je i lidským příběhem plným tajemství a krásy, který snad stojí za úctu a opatrování alespoň tak jako Karlův most.
Myslíte, že projekty počítající s budováním nějakých úplně nových organismů jsou v současné době reálné? K čemu nám takové organismy budou dobré?
Myslím si, že reálné nejsou, a nedivila bych se, kdyby to byla záležitost principiální, nejen záležitost dosud nedokonalého poznání této doby.
Již zmiňovaný pan Venter sice před časem rozvířil veřejné mínění prohlášením o tom, jak se chystá sestrojit umělou bakterii, ale při bližším pohledu se ukazuje, že vlastně neměla být tak docela umělá. Měl totiž v úmyslu vzít přirozenou bakterii a po kouskách jí vyměnit genom za umělý. Pokud by to i nadále žilo a množilo se, byl by to velice dobrý důkaz, že už beze zbytku známe všechny opravdu nezbytné geny bakteriálního genomu (tolik také ke smyslu podobného počínání). Ale genom ještě není buňka, a úvahy o sestrojení buňky jsem zatím našla jen u novinářů a spisovatelů sci-fi. Od velice mlhavého dávna vznikají buňky vždy jenom dělením stávajících buněk. Dosud se nikomu nepovedlo ani oživit třeba i jen bakterii právě čerstvě zabitou, nebo dokonce i jenom sestavit plně funkční membránovou organelu rozebranou na molekulární součástky. Silně pochybuji, že to vůbec někdy půjde – dokladů pro nezbytnost tělesné kontinuity buněk je celkem hodně.
Vyvstává nám pak ovšem otázka, kde se tu vzaly vůbec první buňky. Nevíme, můžeme si jenom vymýšlet více či méně přijatelné evoluční scénáře. Bioinformatika při tom hraje velice významnou úlohu: dnes je vlastně základním přístupem, který umožňuje rekonstruovat, jaké geny měli naši velice dávní předkové. Čímž se dostáváme k tomu, co zde ještě vůbec nebylo zmíněno - bioinformatika je dnes základní metodou také pro evoluční biologii.
Pokud jde o Venterova bakteriunkula, už několik let o něm není slyšet. Buď na to autoři nesehnali peníze, nebo to zkusili a ukázalo se, že to nejde, nebo projekt v tichosti běží a ještě se dočkáme překvapení.
V dnešní době obligátní otázka - myslíte, že postupy podobnými těm Venterovým budou třeba teroristé někdy konstruovat nové patogeny?
Myslím, že z výše řečeného je dosti zřejmé, že ne. Což ovšem neznamená, že se tím nebude strašit za účelem získání prostředků na zcela teoretický výzkum, protože teď zrovna se dávají peníze na boj proti terorismu.
Hovoří-li se o morálních problémech vědy, téměř vždy je řeč o rozhodování, jak daleko jít v konkrétních experimentech. Kolikabuněčné embryo se ještě smí rozebrat na kmenové buňky? Smí se vůbec nějaké embryo rozebrat? Co je dostatečným důvodem k zabití myši nebo makaka? (O švábech se obvykle takto neptáme.) Je přípustné, aby se vědec angažoval ve vojenském výzkumu? Obraz vědy v obecném povědomí vymezují tragičtí hrdinové typu Frankensteina nebo Einsteina.
Ale možná, že mnohem typičtější je dnes jiné vědcovo dilema; týká se toho, zda a do jaké míry je přípustné nadsazovat (nechci říci přímo lhát) v zájmu toho, aby výzkumný projekt – v očích autora nepochybně špičkový – byl financován. I tohle je mimochodem velice výstižně umělecky zpracováno: vzpomeňme si na scénu ze slavného filmu „1492“, v níž Depardieuův Kolumbus přesvědčuje královnu Isabelu Kastilskou (tedy Sigourney Weaver), že za Atlantikem dobude zisku a slávy pro Španělsko a křesťanskou civilizaci... a přitom je oběma jasné, že ho do neznámých krajů žene pouze veskrze „neaplikovaná“ zvědavost.
Už jsem viděla i velmi solidní fyziologickou studii zdůvodněnou tím, jak globální oteplování časem ohrozí světovou sklizeň jahod. Nedivila bych se tedy, kdyby příští projekt na konstrukci umělé buňky byl motivován tím, že to přece musíme mít dřív než teroristé.
-----------------------------------------------
Dr. Fatima Cvrčková se na katedře fyziologie rostlin Přírodovědecké Fakulty UK zabývá studiem molekulárních mechanismů zodpovědných za tvar rostlinné buňky. Kromě toho přednáší také úvod do bioinformatiky. Na stejné téma jí na začátku tohoto roku vychází také vysokoškolská učebnice v nakladatelství Academia.
Na okraj: Bioinformatické databáze pro každého
Jak si vyzkoušet fungování bioinformatické databáze? Významný mezinárodní časopis Nucleic Acids Research uveřejňuje dvakrát do roka tlusté zvláštní číslo, jakési bioinformatické „kdo je kdo“. V něm jsou každoročně zmiňovány snad už stovky adres volně dostupných databází nebo serverů, od zcela obecných až po velmi specializované (třeba na jednu malou skupinu virů). A to si odborná redakce dosti kriticky vybírá, koho zařadí.
Pokud se chcete podívat na něco opravdu základního, doporučuji trojici vzájemně propojených databází, která sdružuje americkou GenBank, evropskou EMBL Data Library, a japonskou DNA Database of Japan. V téhle „matce všech databází“ by měly skončit prakticky všechny publikované sekvence. Americký portál na adrese http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ je poměrně jednoduchý, přehledný a opatřený bohatými vysvětlivkami i pro neodborníka. Navíc současně poskytuje přístup i k databázi lékařské a biologické literatury PubMed, včetně některých časopisů v plném znění zdarma (hlavně starší čísla).
Řadu odkazů i s komentářem, a také s informacemi o přednáškách a kursech (hlavně v Praze), najdete také na stránkách bioinformatické sekce Československé společnosti pro biochemii a molekulární biologii, známější pod zkratkou FOBIA (Free and Open Bioinformatic Association) na adrese http://fobia.img.cas.cz.