V souvislosti s reorganizací bylo nutné provést také rozsáhlé úpravy klíčových provozních systémů včetně souvisejících podpůrných systémů a komponent.
Projekt, jehož cílem bylo umožnit Celní správě ČR plynulý přechod na dvoustupňový systém řízení, realizovala Celní správa ČR ve spolupráci se softwarovou firmou Aquasoft. Hlavní podmínkou bylo, aby celý projekt byl realizován s minimálními dopady na pracoviště s nepřetržitým provozem.
S příchodem nového roku Celní správa České republiky přešla na dvoustupňový systém řízení, díky kterému může pružně reagovat na aktuální situace v jednotlivých regionech vytvářením nebo rušením pracovišť. Původní třístupňový systém řízení jí neumožnoval zajistit požadovanou dostupnost služeb a zároveň efektivně řídit náklady. Přechod doporučovala i Světová banka ve svých závěrech. Novou organizační strukturu Celní správy České republiky tvoří Generální ředitelství cel, 14 krajských celních úřadů a Celní úřad se sídlem v Praze Ruzyni. Významným přínosem pro celní deklarantskou veřejnost je možnost řešit agendu na libovolném územním pracovišti spravovaném daným celním (krajským) úřadem.
Zásadní dopad měla reorganizace Celní správy na klíčové i podpůrné provozní systémy, do kterých bylo nutné novou organizační strukturu s dvoustupňovým řízením promítnout. Nejdříve byla provedena analýza všech dotčených systémů a následně byly realizovány jejich úpravy. Mezi dotčené systémy patří například Elektronický systém pro přepravu a sledování výrobků podléhajících spotřební dani, Systém pro správu spotřebních daní, Elektronické systémy pro režimy vývozu, dovozu a tranzitu.
Pavel Novotný, generální ředitel Generálního ředitelství cel, o projektu řekl: „Klíčovým milníkem byla noc z 31. prosince 2012 na 1. ledna 2013, kdy Celní správa provedla migraci databází dotčených systémů a instalovala modernizované aplikace. Migrace směla být zahájena nejdříve v 19 hodin a ukončena musela být nejpozději ve 4 hodiny. V půl třetí se nám podařilo zprovoznit první pracoviště Celní správy - Celní úřad Ruzyně. Do rána bylo připojeno dalších 103 oddělení v rámci 14 krajských pracovišť.“